Στο ΤΕΑΥΦΕ υλοποιήθηκε και τέθηκε σε παραγωγική λειτουργία υποσύστημα ηλεκτρονικού πρωτοκόλλου για την αρχειοθέτηση όλων των εγγράφων της εισερχόμενης και εξερχόμενης αλληλογραφίας, με χρήση του συστήματος διαχείρισης εγγράφων και ροής εργασιών Πάπυρος Millennium III.

Το υποσύστημα που εγκαταστάθηκε στο Ταμείο επιτρέπει τη ψηφιοποίηση, πρωτοκόλληση και εύκολη αναζήτηση κάθε είδους εισερχόμενου ή εξερχόμενου εγγράφου (ψηφιοποιημένα έγγραφα, fax, email, κλπ.), τηρώντας τους απαραίτητους κανόνες ασφαλείας με δυνατότητα μετέπειτα ηλεκτρονικής διακίνησης εγγράφων και παρακολούθησης της ροής εργασιών (χρόνος αποστολής, χρόνος παραλαβής, εκκρεμότητες κτλ).